綜上，我們認為，在扣除土地價款時，要注意以下幾個方面：

 1.允許扣除的土地價款是指向政府、土地管理部門或受政府委托收取土地價款的單位直接支付的土地價款。

 這里又擴充解釋了：“向政府部門支付的土地價款”，包括土地受讓人向政府部門支付的征地和拆遷補償費用、土地前期開發(fā)費用和土地出讓收益等。房地產開發(fā)企業(yè)中的一般納稅人銷售其開發(fā)的房地產項目（選擇簡易計稅方法的房地產老項目除外），在取得土地時向其他單位或個人支付的拆遷補償費用也允許在計算銷售額時扣除。

注意只有支付給其他單位或個人的拆遷補償費用允許扣除，其他的必須是向政府部門支付的征地和拆遷補償費用、土地前期開發(fā)費用和土地出讓收益等。

2.允許扣除的土地價款所需的憑據：

1.向政府部門支付的：在計算銷售額時從全部價款和價外費用中扣除土地價款，應當取得省級以上（含省級）財政部門監(jiān)（?。┲频呢斦睋?。

2.向其他單位和個人支付的：納稅人按規(guī)定允許扣除支付給其他單位或個人的拆遷補償費用時，應提供拆遷協(xié)議、拆遷雙方支付和取得拆遷補償費用憑證等能夠證明拆遷補償費用真實性的材料。

3.設立項目公司如何扣除？

房地產開發(fā)企業(yè)（包括多個房地產開發(fā)企業(yè)組成的聯(lián)合體）受讓土地向政府部門支付土地價款后，設立項目公司對該受讓土地進行開發(fā)，同時符合下列條件的，可由項目公司按規(guī)定扣除房地產開發(fā)企業(yè)向政府部門支付的土地價款。

（一）房地產開發(fā)企業(yè)、項目公司、政府部門三方簽訂變更協(xié)議或補充合同，將土地受讓人變更為項目公司；

（二）政府部門出讓土地的用途、規(guī)劃等條件不變的情況下，簽署變更協(xié)議或補充合同時，土地價款總額不變；

（三）項目公司的全部股權由受讓土地的房地產開發(fā)企業(yè)持有。

 三個條件須同時滿足，否則不予扣除。這里尤其要關注項目公司的全部股權是否由受讓土地的房地產開發(fā)企業(yè)持有。

4.什么時候確認增值稅納稅義務發(fā)生時間、扣除土地價款？如何開票？

房地產企業(yè)納稅義務發(fā)生時間：以房地產公司將不動產交付給買受人的當天作為應稅行為發(fā)生的時間。具體交房時間以《商品房買賣合同》上約定的交房時間為準；若實際交房時間早于合同約定時間的，按實際交房時間為準。此時確認銷售額，對應計算允許扣除的土地價款。

 房地產企業(yè)應按納稅義務發(fā)生時間計算繳納增值稅，開具適用稅率或者征收率的增值稅發(fā)票；納稅義務發(fā)生之前收取的款項應作為預收款，按照國家稅務總局公告2016年第18號的規(guī)定向主管國稅機關預繳增值稅。預繳稅款時按照國家稅務總局2016年第53號公告規(guī)定，房地產開發(fā)企業(yè)收到預收款開具發(fā)票使用“未發(fā)生銷售行為的不征稅項目”下設602“銷售自行開發(fā)的房地產項目預收款”編碼開具增值稅普通發(fā)票，發(fā)票稅率欄應填寫“不征稅”，不得開具增值稅專用發(fā)票。待正式交易完成后，開具全額的增值稅發(fā)票時，開具的不征稅項目的發(fā)票，可不收回。

注意:房地產企業(yè)的增值稅的納稅義務時間，即對銷售額的確認申報，一般比企業(yè)所得稅確認收入的時點要遲得多。